cinemacafe.netにあるように、「SPEC〜翔」「野々村（竜雷太）は何を見たのか？」、「最後に犯人の地居（城田優）を倒したのは誰か？」、「津田（椎名桔平）のラストシーンの意味」などについて明らかになるのだが、明らかにならないであろう謎、というのもあるだろう。
多分以下のような謎は、謎のまま終わるだろう。
・サトリの本名、「星 慧」の由来。SPEC公式解体新書の西荻弓絵女史のインタビューによると、70年代の映画「日本妖怪伝サトリ」からインスパイアされたということだが、なぜこの字を当てたのか。もちろん「彗星」を逆にしたのは明白だが、以前にも指摘したとおり、ある小説に同じ字の登場人物がいることが気になる。
・ケイゾクの朝倉や、第5話に出て来た霊能力者の鷺沼聖はSPECでいうSPEC HOLDERであったが、公安零課はその存在を無視していたのか。また、にのまえの組織も鷺沼が霊能力（SPEC）の存在を公表しようとすることに備えなかったのか。
・柴田については、何となく所在が分かったが、真山は現在、どこで何をしているのか。
・野々村係長の10年間。「ケイゾク／映画」で警視庁を定年退職となり、「SPEC」第1話では未詳の係長になって1年半ということであり、この間の8年程度、警視庁に勤めていたらしいが、どこで何をしていたのか。
・正汽雅が警視庁に勤務しながら司法試験に合格し、有休を取って司法修習を受けられる謎。前者は旧司法試験を受けたという説明がつかなくもないが、この時点での司法修習生は給与が支給され国家公務員に準ずる地位を有するから、警視庁を退職していなければいけないはずである。
・最終回で当麻が見ていた、大学時代の日記は、捏造されたものだったのか。第10話【癸／起の回】では、当麻は当麻「あんたとつき合ってるって記憶や証拠を色々ねつ造したみたいだけど、写真だけはねつ造しきれなかったみたいだね」と言っているが、日記の中では、当麻は地居をパシリとして使っているということが分かるのだが、これが「地居が捏造した証拠」だとすると、あまりにも地居の立場が情けない。
・未詳の日常。ホワイトボードに予定が書かれていたが、「ミジンコチェック」「ツチノコ調査」「関東UFO矢追会議」（一話）「ウィグラー同好会潜入」（五話）など、謎過ぎる。